在开采试验过程中，科研团队意外发现，这片可燃冰海域附近，生活着大量的珍稀海洋生物，包括抹香鲸、海龟、珊瑚等。“海洋资源固然重要，但生态保护更为关键。”海洋生物学家严肃地说，“我们不能为了开采资源，破坏了海洋生物的家园。”
魏沧立刻下令暂停开采试验，组织科研团队对该区域的海洋生态进行详细调查。生态学家们通过水下摄像机，记录下了海洋生物的生活习性与珊瑚礁的生长状况；生物学家则采集了海水与海底沉积物样本，分析海洋环境的质量。根据调查结果，科研团队调整了开采方案，将开采区域避开了海洋生物的栖息地，并制定了珊瑚礁修复计划。
与此同时，南夏科学院的科学家们还研发了“海洋生态监测系统”。这套系统由水下传感器、浮标与卫星组成，能够实时监测海水的温度、盐度、酸碱度，以及海洋生物的活动情况。一旦发现海洋环境出现异常，系统会立刻发出警报，方便科研人员及时采取应对措施。
在调查过程中，科研团队还发现了一片受损严重的珊瑚礁。由于过往的渔业捕捞、船舶锚泊与海水污染，这片珊瑚礁的珊瑚覆盖率大幅下降，许多海洋生物失去了栖息地。“珊瑚礁是‘海洋中的热带雨林’，对维持海洋生态平衡有着至关重要的作用。”生态学家忧心忡忡地说。
为了修复受损的珊瑚礁，科研团队采用了“人工珊瑚礁+自然恢复”的方案。他们借鉴了古代的“石珊瑚养殖”技艺，利用混凝土、陶瓷等材料制作人工珊瑚礁，模拟天然珊瑚礁的结构，为珊瑚幼虫提供附着的基质。同时，他们培育了大量的珊瑚幼苗，移植到人工珊瑚礁上，并投放了一些以藻类为食的海洋生物，控制藻类的过度生长，为珊瑚的生长创造良好的环境。
南夏的渔民们也积极参与到海洋生态保护中来。在政府的引导下，他们放弃了破坏性的捕捞方式，采用了生态渔业模式，设置禁渔期与禁渔区，保护渔业资源的可持续发展。同时，渔民们还成立了“海洋环保队”，定期清理海域中的垃圾，监测海洋环境的变化。
红毛夷得知南夏在南海进行资源勘探与生态保护后，试图派遣潜艇潜入南海，窃取相关的技术与数据。但南夏的“海洋生态监测系统”不仅能监测生态环境，还能探测水下目标。当红毛夷的潜艇进入南海海域后，立刻被“鲲鹏号”与沿岸的监测站发现。魏沧下令启动反潜防御系统，红毛夷的潜艇见状，只好狼狈逃窜。
“南海是南夏的蓝色国土，我们不仅要开发好、利用好，更要保护好。”陈璘得知红毛夷的企图后，愤怒地说，“任何试图破坏南海资源与生态的行为，都将受到严厉的打击。”
经过半年的努力，南夏的科研团队在南海成功勘探出多处可燃冰与多金属结核资源，制定了科学的开采方案；受损的珊瑚礁也逐渐恢复生机，越来越多的海洋生物回到了这里栖息。“鲲鹏号”完成任务返回港口时，受到了百姓们的热烈欢迎。
徐光启亲自来到港口迎接科研团队，他看着“鲲鹏号”潜艇，感慨地说：“海洋是人类的共同财富，开发与保护并重，才能实现人与自然的和谐共生。科技不仅能帮助我们探索海洋的奥秘，更能守护好这片蓝色家园。”
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